Una sorta di “fortuna avversa” incombe in qualche modo sulla produzione mottettistica frescobaldiana. Del primo libro di mottetti, di cui possiamo solamente ipotizzare l'esistenza grazie ad un Liber Secundus, non ci sono giunte notizie. Con buona probabilità (ma si tratta di un'ipotesi) le composizioni apparse in alcune antologie romane tra il 1616 e il 1625 dovevano appartenere proprio a questa raccolta, secondo una prassi che toccherà anche ad un mottetto del secondo libro. Il “sopravvissuto” Liber Secundus Sacrarum Modulationum esiste invece, ma in un “unicum”, tuttavia incompleto, conservato presso la British Library di Londra.